Später wurden immer wieder aufwändige Umbauten an der Alten Kapelle vorgenommen. Im 15.Jahrhundert wurde das romanische Kirchenstift angebaut und im 18.Jahrhundert das Kircheninnere im Rokoko-Stil prachtvoll ausgebaut. Leider gingen dabei viele mittelalterliche Elemente verloren. Die letzte Renovierung erfolgte in den Jahren 1990 bis 2002. Im Jahr 2006 erhielt die Kapelle eine neue Orgel mit 40 Registern (2.448 Pfeifen). Sie wurde „Papst-Benedikt-Orgel“ getauft und der deutsche Papst Benedikt XVI weihte sie im Rahmen eines Besuches in Regensburg. Besonders beeindruckend ist das sogenannte Gnadenbild in der Gnadenkapelle an der Südseite. Es zeigt die Gottesmutter Maria mit dem Jesuskind und stammt aus dem 13.Jahrhundert. Das Originalgemälde, ein Geschenk an Kaiser Heinrich II. anlässlich seiner Krönung anno 1014, ging leider verloren. Dieses Gemälde ist auch heute noch ein bekannter Wallfahrtsort und eine Stätte der Marienverehrung. Die Kanoniker des Stiftes Unserer Lieben Frau erklären bei öffentlichen Führungen die kunsthistorischen und historischen Daten der Alten Kapelle.